一般的に良いとされるやり方 ／ 一般的に良くないとされるやり方 ／ 譲れないこと(2019年10月13日時点)

一般的に良いとされるやり方

CSSファイルへ記述する

この方法の短所
後から探すのが面倒

一般的に良くないとされるやり方

HTMLファイルへ記述する

この方法の長点
HTMLファイルを確認するだけで、使用しているCSSがすぐに分かる

この方法の短所
minify できない
※minify しても良いが、それだとHTMLファイルへ直接記述している利点が失われる

譲れないこと(2019年10月13日時点)

最終的には
minify 出力した1ファイルを読込
・各プロジェクト毎の「js」「css」配置現況

minify するためには？
HTMLファイルへの直書を止めざるを得ない

動的に値を生成している場合は、

<style>

  .hoge {

    position: fixed;

    bottom: 3rem;

    right: 15px;

    background: #<?php echo $randColorAry[0]; ?>;

    width: 50px;

    height: 50px;

    border-radius: 50%;

    color: #fff;

    text-decoration: none;

    border: 1px solid #<?php echo $randColorAry[0]; ?>;

    z-index: 99;

    text-align: center;

    display: flex;

    align-items: center;

    justify-content: center;

  }

</style>

その部分だけ、HTMLへ記述すれば良いのでは？
CSSへ記述してもよいかもしれないが、後で動的生成箇所を把握しづらくなるかもしれないため

<style>

  .hoge {

    background: #<?php echo $randColorAry[0]; ?>;

    border: 1px solid #<?php echo $randColorAry[0]; ?>;

  }

</style>